Étymologie : c'est une composition néerlandaise et celtique. "Hout" signifie "bois" en néerlandais et "Hem" signifie "agglomération" en celte, soit village des bois. Houthem justifie son nom de sa situation jadis à cheval à la lisière du sud de la Grande Forêt charbonnière qui existait à l'époque romaine.

Houthem faisait partie de la seigneurie de Comines qui y possédait de nombreux fiefs, comme ceux de Boesbrugge, Stradins et Wartembeke en partie. Le seigneur de Comines y avait un vassal, Gommar d'Houthem, cité entre 1180 et 1201. Houthem avait un curé en 1195, Baudouin. En 1250, Daniel de Maskelines et son fils Olivier donnent l'autel à l'évêque de Tournai, à charge de célébrer la messe dans l'église ou dans la chapelle des Maskelines. En même temps, l'évêque redevait une partie des dîmes.

Le béguinage d'Ypres en acquit un tiers en 1272, le reste étant partagé entre le seigneur de Comines, le chapelain de Wartembeke et le curé du lieu. Il arriva fréquemment dans l'Ancien Régime qu'un seul curé doive desservir les deux cures d'Houthem et d'Hollebeke. L'église romane d'Houthem fut démolie en 1865. En août 1566 le curé d'apostat d'Houthem, Jehan Le Cocq, y célébra le culte réformé.

Houthem fut parcouru par les lignes de retranchement creusées en 1678 pour protéger Lille. Plus tard, nouvelle coupure par une ligne nord-sud double  : la ligne de chemin de fer Courtrai-Ypres (1853) et le canal Lys-Yperlée (1862). La guerre 1914-1918 provoqua la destruction totale du village. Les Allemands firent évacuer les derniers habitants en 1917. La reconstruction prit quelques années l'église, par exemple, fut achevée en 1925.